โรงเรียนบ้านวังพระเคียน ได้จัดตั้งขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2513 โดยงบประมาณของกรมประชาสงเคราะห์ กระทรวงมหาดไทยเป็นอาคารชั่วคราว 1 หลัง จำนวน 2 ห้องเรียน มีบ้านพักครู 2 หลัง ตั้งอยู่ระหว่างผัง 51 และ ผัง 52 หมู่ที่ 6 ตำบลนิคมพัฒนา อำเภอควนกาหลง จังหวัดสตูล โดยมีนายคัมภีร์  วีรวงศ์ มารักษาการในตำแหน่งครูใหญ่ จนมาถึงปี พ.ศ. 2518 ทางราชการได้สั่งการให้นายคัมภีร์  วีรวงศ์ กลับมาดำรงตำแหน่งเดิม และให้นายสนอง เมืองปาน มาดำรงตำแหน่งครูใหญ่ เปิดเรียนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่    1 – 4  มีครูครบทุกชั้น

ปี พ.ศ. 2520 ได้ย้ายโรงเรียนมาตั้งในสถานที่แห่งใหม่ คือระหว่าง ผัง 50 และ ผัง 51 หมู่ที่ 5 ตำบลนิคมพัฒนา อำเภอควนกาหลง  จังหวัดสตูล

ปี พ.ศ. 2520 ได้งบประมาณสร้างอาคารเรียนแบบ ป. 1 ก จำนวน 1 หลัง 2 ห้องเรียน บ้านพักครูจำนวน 1 หลัง ด้วยงบประมาณขององค์การบริหารส่วนจังหวัดสตูล

ปี พ.ศ. 2524 ได้งบประมาณสร้างอาคารเรียนแบบ ป. 1 ก จำนวน 1 หลัง 2 ห้องเรียนและโรงฝึกงาน 1 หลัง

ปี พ.ศ. 2526 ได้งบประมาณสร้างอาคารเรียนแบบ ป. 1 ก จำนวน 1 หลัง 3 ห้องเรียน และเปิดขยายเรียนถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 5

ปี พ.ศ. 2527 เปิดสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่  1 – 6  มีนักเรียนจำนวน  160  คน ครู  10 คน

ปี พ.ศ. 2528 โรงเรียนเริ่มดำเนินการกิจกรรมโครงการต่างๆ เพื่อตอบสนองนโยบายของรัฐบาล คือ โครงการประชาธิปไตย โครงการอาหารกลางวันและโครงการสหกรณ์ร้านค้า

ปี พ.ศ. 2529 ได้มีตำแหน่งลูกจ้างประจำ 1 ตำแหน่ง คือตำแหน่งนักการภารโรง

ปี พ.ศ. 2530 นายเจียร จิตศิริ มาดำรงตำแหน่งผู้บริหาร เป็นลำดับที่ 3และเริ่มโครงการการศึกษาเพื่อพัฒนาหมู่บ้านในชนบท (กศ.พช.) ได้สร้างถังเก็บน้ำฝน ค.ล.ส. จากงบประมาณ กสช. จำนวนหนึ่งที่ และได้งบสร้างห้องน้ำแบบ สปช. 601/26 จำนวน 1 หลัง 4 ที่นั่ง

ปี พ.ศ. 2531 เริ่มเปิดสอนชั้นเด็กเล็ก 1 ห้องเรียน

วันที่ 1 ธันวาคม 2536 นายโสภณ พุทธะสุภะ มาดำรงตำแหน่งผู้บริหารเป็นลำดับที่ 4 และเริ่มมีการ       ปรับปรุงเปลี่ยนแปลงพัฒนางานด้านต่างๆทั้ง 6 ฝ่ายอย่างจริงจัง เช่นทาสีอาคารเรียน อาคารประกอบ ทั้งภายนอกและภายในอาคารทุกอาคาร จัดสร้างโต๊ะ ม้านั่งชนิดยาว จำนวน 14 ชุด นักเรียนนั่งได้  220 คน เดินสายไฟฟ้าทุกห้องเรียน ปรับปรุง บำรุงรักษาบ่อปลา สวนปาล์มและสวนมะม่วงหิมพานต์ ฯลฯ

ปี พ.ศ. 2537 โรงเรียนประสบผลสำเร็จในการประกวดกิจกรรมต่างๆ เช่น โรงเรียนพระราชทาน ที่  1 ระดับอำเภอ ที่ 2 ระดับจังหวัด ผู้บริหารดีเด่น โครงการ กศ.พช. ดีเด่น โรงอาหารมาตรฐานดีเด่นจากกรมอนามัย กระทรวงสาธารณสุข ฯลฯ ในปีนี้ได้งบประมาณสร้างบ่อน้ำตื้นจำนวน 1 ที่ และสร้างส้วมแบบ สปช. 601/26 จำนวน 1 หลัง 4 ที่นั่ง ซ่อมแซมอาคารที่ชำรุดทั้งหมด ได้งบประมาณจำนวน 30,000 บาท จาก ส.ส. ในการซ่อมแซม สร้างสหกรณ์ร้านค้า ศาลาประชาธิปไตยและด้วยความร่วมมือของคณะครู กรรมการศึกษา ชาวบ้าน ได้สร้างรั้วถาวรคอนกรีตดำเนินการได้

ปี พ.ศ. 2538 โรงเรียนประสบผลสำเร็จขึ้นกว่าเดิมจากการประเมินและประกวดกิจกรรมต่างๆ ได้ที่ 1 ระดับอำเภอ 8 กิจกรรมคือ

โรงเรียนรางวัลพระราชทาน

นักเรียนรางวัลพระราชทาน

โรงเรียนดีเด่นขนาดกลาง

โครงการ กศ.พช.

โรงเรียนจัดสภาพแวดล้อมดีเด่น

ครูสอนคณิตศาสตร์ดีเด่น

ครูสอน ส.ป.ช. ดีเด่น

โรงเรียนควบคุมไข้เลือดออกดีเด่น

ปี พ.ศ. 2539 ได้งบประมาณสร้างอาคารเรียนแบบ สปช. 105/29 จำนวน 1 หลัง 8 ห้องเรียนและประสบผลสำเร็จจากการประกวดกิจกรรม เช่นโครงการประชาธิปไตยดีเด่น โรงเรียนดีเด่น ครูสอน ภาษาไทยดีเด่น ที่ 2 ระดับจังหวัด โรงเรียนจัดสิ่งแวดล้อมดีเด่น ได้ที่ 1 ระดับจังหวัด และ   ที่ 2 ระดับเขตการศึกษา 2 และนักการดีเด่นระดับจังหวัด และเปิดสอนขยายโอกาส

ปี พ.ศ. 2540 โรงเรียนมีผลงานดีเด่นได้แก่

โรงเรียนดีเด่นที่ 1 ระดับจังหวัด

บุคคลดีเด่นประเภทผู้บริหาร ที่ 1 ระดับจังหวัด

กิจกรรมพัฒนาสุขภาพอนามัยดีเด่น ที่ 1 ระดับจังหวัด

กิจกรรมส่งเสริมด้านวินัยและคุณธรรมดีเด่นที่ 1 ระดับจังหวัด

โครงการ กศ.พช.  ที่ 2 ระดับจังหวัด

โครงการประชาธิปไตยดีเด่นที่ 2 ระดับจังหวัด

ปี พ.ศ. 2541 เปิดสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาล 3 ขวบ ถึงชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 3 มีข้าราชการครู    11 คน อัตราจ้าง  3  คน วิทยากร 3 คน จำนวนนักเรียนทั้งหมด 327 คน และได้รับคัดเลือกให้เป็นโรงเรียนต้นแบบปฏิรูปทางการศึกษา

ปี พ.ศ. 2542 ได้งบประมาณสร้างอาคารเรียนแบบ สปช.102/26 จำนวน 1 หลัง 4 ห้องเรียน

ปี พ.ศ. 2544 ได้รับการคัดเลือกให้เป็นโรงเรียนเครือข่ายปฏิรูปการศึกษาขั้นพื้นฐาน